The Genius is een zwarte komedie, een hedendaagse satire waarin kunst en wetenschap op explosieve wijze met elkaar botsen. De film wordt verteld aan de hand van een video-dagboek dat de mannelijke hoofdrol, gespeeld door Joe Gibbons zelf, bijhoudt. Plaats van handeling is een niet bestaand Manhattan, waar de ‘Amerikaanse Gezins Liga’ de macht over alle galerieën heeft overgenomen. De kunstenares Kitty Church is door haar galerie verstoten en om haar controversiële werk op de zwarte lijst geplaatst. De wetenschapper Desmond Denton is al veel langer geleden zijn onderzoeksbeurs kwijtgeraakt, na zijn beruchte ‘platworm-fiasco’ experimenten van de jaren zestig. Sindsdien heeft hij een techniek ontwikkeld om de persoonlijkheidskenmerken van iemand in iemand anders over te planten. In zijn laboratorium onder de Brooklyn Bridge krijgen gewillige klanten een ‘geniculaire’ behandeling.Nadat hij Kitty heeft ontmoet in de bar waar ze werkt, raakt Desmond door haar geobsedeerd, zozeer zelfs dat hij, om haar voor zich te winnen, zijn eigen persoonlijkheidsstructuur verandert. En ook wil hij haar uit handen houden van haar slungelige vriendje Les, een ambitieus kunstenaar. Kitty neemt ondertussen wraak op de kunstwereld die haar verstoten heeft; een heuse operatie die bestaat uit een reeks terroristische daden onder de codenaam ‘Eve of Destruction’. Eerst denkt Desmond nog dat hij verliefd is op Kitty, maar uiteindelijk realiseert hij zich dat het voor hem niet genoeg is mèt haar te zijn – hij wil Kitty zijn.Geoff Gillmore van het Sundance Film Festival riep The Genius, voor hij was voltooid, uit tot ‘the most exciting work-in-progress’.
