1991. De twee vrienden Pavle en Aleksa, officieren in het Joegoslavische Volksleger, zijn verliefd op dezelfde vrouw. Wanneer zij elkaar later, in de loop van de burgeroorlog ontmoeten, is Pavle een vluchteling in Vukovar en Aleksa een militaire rechter. De dramatische omstandigheden waarin de twee elkaar treffen, culmineren in de dood van Pavle’s negentienjarige dochter – al is onbekend wie van de twee de biologische vader is. In een nieuwe relatie-driehoek rond de dochter van een deserteur, wikkelt het drama zich af naar een tragisch slot.Deserter levert een interessante kritiek op de oorlog in het voormalige Joegoslavië: de rol van de deserteur wordt naarmate de film vordert steeds sympathieker. In de film staat de absurditeit van de oorlog voorop; het liefdesverhaal is een metafoor voor het verraad in de oorlog. Zivojin Pavlovic draaide zijn film op locatie in Belgrado en Vukovar, tussen januari en maart 1992.
