Op de vlucht voor de politie zoeken Issa en haar broer Tomas onderdak in een afgelegen weeshuis in het bos. Maar het toevluchtsoord blijkt al snel een hel op aarde, die wordt bestuurd door een sekte die zich onderwerpt aan een angstaanjagende nachtgod.
Nadat ze haar vader heeft vermoord, vlucht Issa het bos in met haar broertje Tomas. Daar vinden ze onderdak in een afgelegen weeshuis dat wordt gerund door een groep nonnen. Issa probeert zich er gedeisd te houden in de hoop een pleeggezin voor Tomas te vinden. De gastvrijheid blijkt van korte duur: Tomas wordt al snel gepest door de andere jongens, terwijl de nonnen steeds grimmigere straffen uitvoeren. Broer en zus proberen te ontsnappen en ontdekken de huiveringwekkende waarheid over het weeshuis.
Lilim speelt zich af in het Filipijnse Noord-Luzon in 1983, een periode waarin gedwongen verdwijningen plaatsvonden onder Ferdinand Marcos. Mikhail Reds angstaanjagende horror draait om een gesloten gemeenschap die bezwijkt onder het gewicht van fanatieke overtuigingen. De filmmaker kiest in deze film – geschreven door zijn broer en met zijn vader als cinematograaf – voor een luchtige, onopvallende vorm van politiek commentaar. Het horrorelement weerspiegelt de beklemmende sfeer van die tijd.
Lilim combineert psychologische en occulte elementen en vertelt een nachtmerrieachtig verhaal waarin visuele effecten goed samengaan met een griezelige sfeer waarin mysterie en angst blijven escaleren.