Yan woont met haar man Cheong en hun twee zoontjes in een dorp in het noorden van Maleisië, vlakbij de grens met Thailand. Wanneer Cheong een slang probeert te vangen, beschadigt hij per ongeluk de schutting van de buurman. Het vormt het onverwachte startpunt voor een reeks mysterieuze gebeurtenissen. Cheong gelooft dat hij de Maleisische godheid Datuk Gong beledigd heeft, maar Yan, die niet met dit volksgeloof is opgegroeid, heeft haar twijfels. Ze brengt de inmiddels ziek geworden Cheong liever naar het ziekenhuis dan naar een sjamanistische genezer.
The Story of Southern Islet speelt zich af in 1987 en is gebaseerd op de jeugd van de filmmaker, wiens vader ernstig ziek werd. Het sfeervolle, grotendeels in fraaie long shots gevangen verhaal accepteert volledig dat niet alles zich rationeel laat verklaren. Een stem in een grot, een geest op een schip – Yan’s spirituele reis is net zo vanzelfsprekend als de dagelijkse boodschappen op de markt.